Sekolah Agama Nusantara diambil sempena nama Taman Nusantara, Gelang Patah, Johor Bahru, Johor. Telah di tubuhkan dan beroperasi pada awal Januari 2008 dengan menumpang bangunan Sekolah Kebangsaan Nusantara di alamat Jalan Ulu Choh, 81550 Gelang Patah, Johor.
Hasil perbincangan Bahagian Pendidikan, Jabatan Agama Johor dengan Jabatan Pendidikan Negeri Johor berhasil dengan tertubuhnya Sekolah Agama gred C berstatus menumpang bangunan Sekolah Kebangsaan dalam kawasan Taman Nusantara bagi memenuhi permintaan masyarakat sekitar dan menampung jumlah murid yang kian bertambah.
Kini Sekolah Agama Nusantara di tadbir oleh Ustaz Hj. Lizam bin Hashim (Gambar Kiri) selaku Guru Besar dan Pengasas kepada penubuhan Sekolah Agama Nusantara, Gelang Patah sejak tahun 2008 hingga kini. Dengan seramai 10 orang Guru dan jumlah murid yang meningkat setiap tahun kini hampir 700 orang murid dari darjah 1 hingga 6 dan masih menumpang bangunan Sekolah Kebangsaan Nusantara.
Usaha mendapatkan bagunan sekolah persendirian kian giat dijalankan oleh pihak Badan Kebajikan Sekolah, Majlis Guru dan para ibubapa untuk menjamin keselesaan suasana pembelajaran hampir 700 orang murid.
Tapak bangunan sekolah berhampiran Bangunan Sekolah Kebangsaan menjadi tanda tanya bila mula dibangunkan. Pelbagai inisiatif telah diambil pihak berkaitan dan pihak sekolah sendiri bersama AJK Badan Kebajikan Sekolah Agama Nusantara berusaha memastikan bangunan tersebut segera dibina bagi menampung jumlah pelajar yang semakin meningkat setiap tahun.
Keratan Akhbar Harian Metro bertarikh 23 Februari 2014.